明代建国后，于1368年以应天府为南京，1378年定南京为京师，1421年明成祖以北京为京师，恢复南京之名，作为留都。应天府在明初时辖上元、江宁、溧水、江浦、句容、溧阳六县，后加辖六合、高淳二县。 清代初年，改南京为江南省，改应天府为江宁府，所辖八县如故。后江南省分为江苏、安徽两省，江宁府隶属于治所设在苏州的江苏巡抚管辖，但管辖江苏、安徽、江西三省的两江总督衙门设在江宁。因此，古南京应天府应指现在的南京。
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